O DNIT entrou com uma ação de ressarcimento ao erário contra Carlos José Stüpp, alegando que ele teria praticado atos de improbidade durante o período em que foi prefeito de Tubarão/SC, em relação a recursos federais direcionados para obras na cidade. Carlos José Stüpp, na condição de prefeito do Município de Tubarão, no ano de 2001, celebrou com o DNIT o convênio n. 053/2001 para a execução de obras e serviços de retirada do ramal ferroviário no perímetro urbano do município de Tubarão/SC e construção de novas edificações para transferência das instalações administrativas e da oficina de manutenção de locomotivas. Segundo o órgão, as obras não foram integralmente executadas, e o ex-prefeito não prestou contas adequadamente sobre o uso dos recursos liberados. O DNIT pedia a condenação do réu e a indisponibilidade de bens como medida cautelar.

Entretanto, o Tribunal de Contas da União julgou regulares com ressalvas as contas prestadas por Carlos José Stüpp, apontando que os valores repassados pelo DNIT não eram suficientes para a execução completa do projeto. A falta de planejamento adequado e as alterações nos projetos ao longo da execução da obra foram apontadas como causas do não cumprimento integral do convênio. O Tribunal concluiu que não havia provas de que o ex-prefeito tenha agido com dolo específico, caracterizando apenas imperícia na condução do projeto.

Após análise do caso, o juiz responsável pela 1ª Vara Federal de Tubarão julgou improcedente o pedido do DNIT, considerando não comprovada a prática de atos de improbidade pelo réu. A sentença também determinou que o DNIT pague honorários advocatícios ao procurador do ex-prefeito, cujo valor foi fixado com base nas regras do Código de Processo Civil.